[db:作者] - 2020-04-15
受疫情影响,上周举行的美国植物表型会议Phenome 2020并没有来自中国大陆的代表。Phenome会议历来是国际植物表型圈最棒的会议之一,为了更好的与国内植物表型圈同仁分享会议进展,我们邀请到几位海外华人代表谈一下他们的参会感想。今天来分享的是普度大学杨扬博士。
自2017年起,每年一度,北美植物表型协会和美国植物生物协会都会在早春二月的沙漠共同主办一场有关植物表型组学的大会——Phenome。至今年已是第四个年头 (Phenome2020)。
从表型组学的角度,Phenome 应该是这个领域在北美的顶级盛会,没有之一。每年,组织者们都能请来分子生物学、育种、植物生理学或是计算机科学、工程等等领域的大牛们来作精彩的专题报告。同时来自北美、欧、亚太等地这些领域的中坚与新星也都积极参与这个平台,一来分享各自的科研进展与心得,二来也借由盛会了解植物表型的最新动态。当然,最让大家开森的是可以认识各个领域的新(/🐂牛)朋友们——我今年又很开心地认识了好些冉冉升起的新星——后生可畏呀。
今年的大会一如既往的请来了根系表型、生态与生物信息学以及人工智能方面的大牛们来“布道”。他们分享的数据、经验以及对未来格局的展望都给人留下深刻的印像。而覆盖了算法开发与应用、根系表型、传感器系统开发、分子生物学、育种学等方方面面的专题演讲也让人有耳目一新的感觉。
比如Danforth Center 李茂博士不仅成功地开发出几何形状分析在植物表型中的算法,并且已经成功的将其应用在花鏸的表型研究当中。来自日本的三维图像形成与几何形状分析与李博士的报告有异曲同工之妙。
根系表型一直是植物表型研究的重点和难点。这次的报告中,既有探地雷达的应用探索,也有新算法的开发,当然也少不了根系表型的具体应用。佛州和Nebraska 的算法都是基于深度学习。但是他们没有不加选择地CNN完事,而是积极认真地探究了如何更有效地应用深度学习平台的能力。他们的成果应该是代表着未来植物表型与深度学习嵌合的方式与方向。
五分钟闪电演讲也是Phenome的传统,今年的一档 五分钟闪电由IOWA STATE的跨学科博士生们“包场”。这些学生和其他的演讲者们向大家展示了他们独特的跨学科,跨领域的知识结构与专长。想想十年前我们组队时的一将难求,再看看今天的跨专业的综合型人才们,不由人不感叹植物表型学的发展之快,也让人欣慰的看到来日可期。
Phenome另的一个好传统是学术界与工业界的紧密结合。今年也不例外。除了Bayer 和 Climate Corp 热情地赞助了会议中的晚宴外,各相关供应商也像往年一样向与会者展示与植物表型相关的传感器、平台以及数据管理系统。其中Iowa State 汤教授团队的PhenoBot 3.0 和Purdue大学的GRYFN气和般地涵盖了地面与空中的表型平台的需要。汤教授的 PhenoBot 3.0荟萃了机器人与传感器发展的精华。很期待看到 PhenoBot 3.0在更多场景中的应用。
所谓天下无不散的宴席。历经四个沙漠中的春天后,我们在大会的最后一天获悉明年ASPB不再主办Phenome。好在NAPPN 和IPPN 的发展都很健康、活跃。相信明年会有不同形式的盛会。让我们一起期待!
杨扬,博士,普渡大学植物表型中心主任。
杨扬博士在华中农业大学获得农业工程专业本科和硕士学位,在俄亥俄州立大学获得生物系统工程专业博士学位,并在普渡大学进行了控制环境(下)农业研究的博士后工作。他在植物传感技术、作物模型、遥感数据分析工具、控制环境下的农业生产等领域有超过15年的工作经验。他同时拥有在公立研究单位和私营企业的工作经验,例如他在美国农业部研究院(USDA/ARS)曾任职研究工程师从事作物模型工作,在陶氏(现在的科迪华)曾任职高级研究科学家领导建设了田间和温室植物表型平台,并协助陶氏进行数字农业的研发工作。
目前,杨扬博士任职普渡大学植物表型中心主任,负责包括印第安纳玉米和大豆创新中心( Indiana Corn and Soybean Innovation Center,ICSC)、控制环境表型设施(Controlled Environment Phenotyping Facility,CEPF)在内的表型平台的建设和运营,并协调各种和高通量植物表型相关的研究工作。
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